yumで突っ込んだcertbot、もうどうにもならんので、githubからcloneしてきたletsencrypt-autoを使うと、python-virtualenvとかいうパッケージを追加で入れられて、こちらはちゃんと動くようだ。やはり拡張モジュールのバージョン違いを想定していないと、環境毎切り替えて使うしかないのか。