PostgreSQLでオンラインバックアップでファイルシステムレベルのバックアップを取るには、WALを有効にしておいて、バックアップを宣言して、その間にファイルをコピーして、バックアップの終了を宣言しないといけないよー。
https://www.postgresql.jp/document/9.6/html/continuous-archiving.html
DB止められるなら止めるのが一番ではある。