リモートのファイル消すの、sidekiqに積まれるからsidekiq動いてるかどうかも確認が必要かも。ディスクフルで止まったりしてないかどうか。あとはどこがディスク食ってるか、du -h --max-depth=1 で大きいディレクトリに順に潜っていくと原因絞り込めるかも。