Windowsの.NETなアプリの場合？には、Process.MainWindowHandleでプロセスのメインフォーム調べてGetForegroundWindowでフォーカスがあるウィンドウと比較して違ってたらつまり「メインウィンドウがフォーカス持ってないのでエラーダイアログ出してるっぽい！」って調べられるのでそれでだいたい済むんでは感＞＜