で操作されるリモート側にWM_SETFOCUSをフックするアプリを入れて、ローカル側にウィンドウの位置とUnicodeでキー入力を転送する指令とを伝えるようにしないとどうしようもないのでは?

「RemoteApp」における悩ましき日本語入力環境の問題:その知識、ホントに正しい? Windowsにまつわる都市伝説(32) - @IT atmarkit.itmedia.co.jp/ait/art?

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グローバルフックか何かして、 のクライアント側に、いまテキストボックス系のウィンドウにフォーカスが行ってますよ、という通知は可能っぽいね

リモートデスクトップの接続元コンピュータのIPアドレスを取得 - Qiita qiita.com/nightyknite/items/a1?

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