WindowsユーザーがLinuxシステムの個々のファイルをいじくるのはあんまり想定しないとして、だ。
UEFIにはFFSなりZFSなりを読めるローダーを置いておいて、FFSなりZFSなりの次のステージのローダーを読んで、そこからカーネルをやっとロードかな。ext4はあちこちでサポートされてるけど、ZFSはなあ。