Arduinoの種類をとっかえひっかえ試していて、MegaとDuemilanoveが比較的マシだという結果が出た。
で、USB接続してシリアルを読むマシンをWindowsにかえたところ、データがぶっ壊れる率が激減したというか、毎秒250パケット送ってて、FreeBSDだと1分で500～1000ぐらい壊れたパケットがあるのに、Windowsでは1個しか壊れていなかった。