インストール時の設定を自前の設定ファイルに書き込んで抱え込むアプリとかあると、どうしようもなさそう。もしかしたら、レジストリで書き換えるんじゃなくて、ジャンクションとかでOSやアプリはCドライブにアクセスしてるつもりだけど、実際は別ドライブでしたーみたいにした方が良かったのかもしれん。