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ワタシが思う悪役令嬢モノと異世界転生モノの違いをざっくり説明すると
異世界転生モノは楽してすげー力や超能力を手に入れて、自分に歯向かう奴を力でねじ伏せたら女が無条件で惚れてきてハーレム築くやつ
悪役令嬢モノは極悪非道な（設定の）異世界とか乙女ゲームの令嬢に転生して、コミュニケーション能力で周りの人間をひたすらたらしこんで自分が死ぬ（もしくは追放）される未来を回避する。そして、気づいたら性別問わず主要な登場人物全員が自分に惚れている
という違いがある
もちろん、それぞれ例外な作品はあるけど
※意見には個猫差があります
個猫的には、後者のフォーマットは物語の主軸が登場人物同士の人間関係や利害関係に置かれているので、人物や物語を転がしやすい
要するに面白い話を作りやすいので、ホームラン級とは行かないまでも三塁打くらいのそこそこ面白い作品が異世界転生モノよりも多い気がする
逆に異世界転生モノは、物語世界が主人公の都合のいいように最初から設計されているので、手軽に優越感を得られるが、物語としては総じてつまらない作品が多い