ごく単純な話でして、Dockerはコンテナを建てて色々できるようにするわけだけど、docker-compose downしたらコンテナ消えるので保存してたデータも消えるわけですよ。

dockerを使用した永続化は可能なんですが、ちゃんと手順踏まないとdownさせたときにあっさり消える、というだけの話。