うちではコマンド関連のコンテンツを用意していないので他のところになってしまうけど、ここの一番下のところでmarkerをセットする方法が書いてます
[Bukkit/Spigot]Dynmapにレイヤーを追加する方法 | 純規の暇人趣味ブログ https://jyn.jp/bukkit-dynmap-add-layer/