@nzws 普通はデプロイ時にGitHubを必要としないように、事前にビルドしたパッケージをどこかに置いておいてそれをデプロイするようにするんじゃないかと思います。社内でドッグフーディングする場合は本番とは別のインフラにβ版をデプロイしておくパターンはよく見ますし、チャットサービスだとIRCのようなシンプルな非常用サーバを用意したりしたことはあります。
ちなみにEnterprise版のGitHubはブロックストレージをまるごと付け替えることでアップデートするので、旧ストレージでブートしなおせばすぐにロールバックできます。似たような仕組みは用意されてると思います。