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Gentoo の LIve DVD に無限に GUI ツールが入っていることと素の gentoo に最初何も入っていないことは両立するというだけのことなので、それが opt-in というものでは

べつにユーザに無限のオプションを有効化させなくても「すべての便利機能 (潜在的に余計) を有効化する」オプションをひとつ用意しとくだけでもいいんですよ。
Linux の kernel config だって無限に configurable だけど
make allyesconfig
で全てを有効化できる。

たとえば gentoo で「gnome のツールなにが必要かわからないから沢山入れときたい」と思ったらシンプルに emerge gnome-extra-apps すればいいんですよ。
でも、「初心者は何が必要かわからないよね！」と余計なお節介で extra apps が最初から入ってる環境は受け入れられない

べつにオプトインの手段がコマンドである必要はないしボタンひとつ用意したっていいしイメージのダウンロード段階で選ばせてもいいんだけど、とにかく本質的には「必要としているもの (のみ) が与えられるべきだ」という話です